体調の長期的な変化を把握するためには、毎日の記録というのが残っていると良いですね。起床時間、入眠時間、ご飯を食べたか、活動内容と時間程度があると後から分析がしやすくなります。
何をしたかについては、予定とそれをしたかどうかを手帳に記録すれば良いので普段の生活で手帳を活用している方は簡単だと思います。それに対し、睡眠時間と運動の記録は記録するのを忘れてしまうことが多々あるので、お勧めの方法としてはアプリを活用するというのがあります。
活動量を図ってくれる万歩計的なアプリが多々出ています。何もしなくてもカロリー換算をしてくれたり、運動の記録を取ってくれたり様々ですが、一つ入れておくと、自分の活動量が極端に下がっている（上がっている）場合、客観的なデータを得られますので、かなり役に立ちます。
それから睡眠時間を図ってくれるアプリもあります。これも寝る前にセットしておけば、実睡眠時間を計ってくれたり、時間を記録してくれたりするので、非常に便利です。薬を飲んでいる人は、単純に薬を飲むタイミングで寝る時間起きた時間をメモするだけでも良いと思います。
それからBDI(Beck Depression Inventory)のようなうつの状態を客観的に測れる簡単なテストを週ベースで記録を取っておくのも大変有効です。BDIとまでいかなくても5段階で何点とかでも良いと思います。
どちらにしても後から数か月前の自分の状態と現在の状態を比べられるのはとても良い事です。自分では気づかない間に状態が変化している場合の客観的な評価基準になりますね。